Alors que le Déluge est imminent, les animaux du monde se regroupent dans l'arche de Noé. Dave et son fils Finny sont des nestrians, des créatures colorés, qui parviennent à prendre place à bord de ce bateau. Au moment de la grande inondation, Finny et Leah, une Grymps, créature sombre et solitaire, sont éjectés et se retrouvent livrés à eux-même. Alors qu'ils essayent de survivre et de trouver un moyen de regagner l'arche, Dave et Hazel, la mère de Leah, partent à la recherche de leurs enfants.